Az 1848-1849-es szabadságharc leverését kegyetlen megtorlás követte. A közkatonák amnesztiát kaptak ugyan, de sokukat besorozták a császári seregbe, a magasabb rangú tisztek, tisztviselők pedig hadbíróság elé kerültek. A tárgyalások sorrendjét a "bűnösség" foka határozta meg. Elsőként a "főbűnösök", Olmützben gróf Batthyány Lajos volt miniszterelnök, Aradon pedig a honvédsereg önálló seregtestet vezénylő főtisztjeinek perét folytatták le.
Batthyányt még 1849 januárjában letartóztatták, majd az olmützi törvényszék augusztus 30-án felsőbb utasításra felségárulás vádjával kötél általi halálra és teljes vagyonelkobzásra ítélte. Perében a bíróság megsértette azt a bécsi utasítást is, hogy a felelősségre vonások csak az 1848. október 3-a utáni, a magyar parlament (Országgyűlés) feloszlatását elrendelő királyi proklamáció utáni forradalmi cselekményekben való részvételre vonatkoztathatók. Egyedül az ő esetében korábbi cselekményei (többek között a külföldi hatalmakkal történő kapcsolatfelvétel, a horvátokkal és az osztrák kormánnyal történő megegyezés elmulasztása, az uralkodói jóváhagyás nélküli honvédújoncozás és papírpénz kibocsátás) képezték a vád legfőbb alapját. A Magyarországot teljhatalommal kormányzó Haynau táborszernagy 1849. október 5-én erősítette meg ítéletét.
Aradon 1849. szeptember 26-án 13 tábornokot és egy ezredest ítéltek halálra felségsértés és lázadás miatt. Haynau ezt szeptember 30-án hagyta jóvá, de végül 13 embert végeztek ki, mert Gáspár Andrásnak, Ferenc József egykori lovaglómesterének büntetését börtönre változtatták.
A kivégzéseket október 6-ára, a bécsi felkelés évfordulójára időzítették. A börtönként szolgáló pesti Újépületben Batthyány a kivégzés előtti éjjelen egy becsempészett tőrrel nyakon szúrta magát, súlyos vérveszteséget szenvedett, de életben maradt. (Az akasztásnak akkoriban becstelenítő jellege volt, korábban inkább csak köztörvényeseknél alkalmazták.) Ezek után Batthyányt nem lehetett felakasztani, de az ítéletet végre kellett hajtani, a helyi parancsnok a kötél általi halálbüntetést saját hatáskörben "porra és golyóra" változtatta, a hír hallatán Haynau idegrohamot kapott. A gróf nem engedte szemét bekötni, és maga vezényelt tüzet a kivégzőosztagnak, utolsó szavai három nyelven hangzottak el: Allez, Jäger! (Rajta, vadászok!) Éljen a haza! Kivégzésének színhelyén, az egykori Újépület falánál 1926. október 6-án avatták fel a Pogány Móric tervei alapján készült Batthyány-örökmécsest, ami a szabadság jelképe lett, és a kádárizmus utolsó éveiben a március 15-i ellenzéki tüntetések rendszeres színhelye volt. Magyarország első miniszterelnökének hamvai a Fiumei úti Nemzeti Sírkertben, a Batthyány-mauzóleumban nyugszanak.
Aradon ugyancsak október 6-án végezték ki a 13 honvédtábornokot: Aulich Lajost, Damjanich Jánost, Dessewffy Arisztidot, Kiss Ernőt, Knézich Károlyt, Láhner (Lahner) Györgyöt, Lázár Vilmost, Leiningen-Westerburg Károlyt, Nagysándor Józsefet, Poeltenberg Ernőt, Schweidel Józsefet, Török Ignácot és Vécsey Károlyt. (Lázár Vilmos ezredes volt, de a köztudat őt is tábornokként tartja számon.) A golyó általi halálra "kegyelmezett" Kisst, Schweidelt, Dessewffyt és Lázárt a vár északi sáncában lőtték hajnalban agyon, a többi elítéltet ezután a vártól délre sebtében összetákolt bitófákra akasztották fel. Elrettentésül a holttesteket estig az akasztófán hagyták, de ezzel éppen az ellenkező hatást érték el, mert a kivégzés helye valóságos búcsújáró hellyé lett. Ma az egykori vesztőhelyen emlékoszlop áll, a vértanúk emlékét a városban a 2004-ben visszaállított Szabadság-szobor őrzi.
1849 és 1850 között Aradon még további három honvédtisztet végeztek ki, Ormai Norbert honvéd ezredest, Kazinczy Lajos honvéd ezredest (Kazinczy Ferenc fiát) és Ludwig Hauk alezredest, Bem tábornok hadsegédét. Lenkey János honvéd vezérőrnagyot azért nem végezték ki, mert a fogságban megtébolyodott, s a várbörtönben meghalt. A szabadságharc utáni megtorlások során hozzávetőleg 500 halálos ítéletet hoztak, és mintegy 110-et hajtottak végre. Az emigránsokat in effigie - távollétükben - végezték ki, azaz nevüket az akasztófára szögelték. A bosszúhullám csak 1850 júliusától mérséklődött, amikor az európai felháborodás miatt a bécsi udvar nyugdíjazta a "hatáskörét túllépő" Haynaut.